Dans les premiers jours de septembre 1944, devant l'avance des armées alliées, les nazis décidèrent d'évacuer le camp principal, la plupart des déportés étant transférés vers Dachau. Seuls quelques-uns restèrent à Natzweiler sous la garde d'un petit nombre de SS. Le 23 novembre, jour de la libération de Strasbourg, l'armée américaine pénétra dans le camp, premier témoignage de l'univers concentrationnaire nazi découvert par les Alliés à l’Ouest de l’Europe.

Sur les 52 000 personnes déportées à Natzweiler-Struthof ou dans l'un de ses camps annexes entre 1941 et 1944, plus de 20 000 sont mortes.

Dès 1945, les Alliés jugèrent les plus hauts responsables de l'Allemagne nazie à Nuremberg. Ils organisèrent ensuite des procès séparés pour les SS de chacun des camps principaux. Josef Kramer, ancien commandant de Natzweiler et commandant de Bergen-Belsen, fut jugé par les Britanniques pour son rôle dans ce dernier camp. Les autres responsables SS de Natzweiler, arrêtés ou en fuite, furent jugés au cours des procès de Wuppertal, de Rastatt et de Metz.

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