Les sévices, les maladies, l'épuisement et la mort représentaient le quotidien des déportés. Ils souffraient de blessures dues aux coups que leur administraient les Kapos et les SS, ainsi que des morsures des chiens dressés pour les attaquer. Ils pouvaient également être punis et condamnés à des coups de fouet sur le chevalet de bastonnade ou à une peine d'enfermement dans le bunker situé dans le bas du camp. Squelettiques, épuisés, blessés, malades, sans soins, qu'ils soient ou non admis à l'infirmerie, beaucoup mourraient. À Natzweiler, le taux de mortalité était de 40% ; dans les camps annexes, il pouvait atteindre 80%.

Les déportés ayant tenté une évasion ou simplement soupçonnés de tentative d'évasion encouraient la peine de mort : la pendaison ou le peloton d'exécution.

La Gestapo de Strasbourg utilisait aussi le camp comme lieu d'exécution. Ainsi, en 1943, treize jeunes gens originaires de Ballersdorf dans le Haut-Rhin furent fusillés à la carrière pour avoir refusé leur incorporation dans la Wehrmacht et tenté de quitter la zone annexée. En septembre 1944, peu avant l'évacuation du camp, des membres du réseau Alliance et des maquisards des Vosges furent amenés au camp pour y être exécutés.

Tous finissent dans le four du bloc crématoire.

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