La plus grande partie des baraques du camp fut construite, entre mai 1941 et octobre 1943, sur les flancs escarpés du Mont Louise. La structure hiérarchique était la même d'un camp à l'autre. Le fonctionnement du KL-Natzweiler était assuré par environ 80 officiers, sous-officiers et hommes de troupes autour du commandant du camp et de son adjoint. Environ 250 SS en tout furent y affectés au long de la guerre. À partir de la mi-1942, chaque camp de concentration devint rattaché au « Reichsführer SS » Heinrich Himmler par l'intermédiaire du « Service D » de l'Office central SS de gestion économique.