Schon im Jahr 1960 denkt die Exekutivkommission über die Gründung eines Museums in der einzigen verbleibenden Schlafbaracke nach. Am 27. Juni 1965 eröffnet Jean Sainteny, Minister der Kriegsveteranen, am Tage der jährlichen Zeremonie dort eine Ausstellung. Zahlreiche Originalgegenstände werden dort präsentiert. Der damalige Bestand ist das Ergebnis gesammelter Gegenstände und spontaner Schenkungen ehemaliger Deportierter. Die Ausstellung ist ein starkes und wertvolles Zeugnis der Geschichte des Lagers und eine Ergänzung zum Mahnmal.
1976 wird das Museum Opfer krimineller Brandstiftung und verliert fast 95 % seiner Sammlung. Einige wenige Gegenstände werden aus den Trümmern gezogen und in der neuen Baracke untergebracht, die identisch wieder aufgebaut wurde. Das Museum wird im Jahr 1979 erneut Opfer von Vandalismus. Daraufhin findet eine Ausstellung statt, die von Alfred Mantzer, einem ehemaligen Deportierten von Neuengamme und Paul Blasy, einem ehemaligen Deportierten von Dora in Zusammenarbeit mit Annick Burgard, einem Mitglied der Exekutivkommission realisiert wird.
Die Ausstellung wird vom französischen Staatspräsidenten Valéry Giscard d'Estaing am 29. Juni 1980 eröffnet. In den 1980er Jahren gehen zahlreiche Schenkungen von ehemaligen Deportierten und ihren Familien ein, die von Tafeln komplettiert werden, welche die Periode 1939-1945, den Kampf des Widerstands gegen die Nazis sowie die Deportation in das KL-Natzweiler und die anderen Lager illustrieren. Diese Ausstellung war bis Oktober 2004 für das Publikum geöffnet.
Parallel zur Gründung des Centre Européen du Résistant Déporté wird das Museum in der alten Baracke völlig umstrukturiert und widmet sich von nun an ausschließlich der Geschichte des Konzentrationslagers Natzweiler und seinen Nebenlagern. Diese neue Ausstellung präsentiert noch unveröffentlichte Informationen und Dokumente aus aus der Forschung mit einer modernen Museographie.