Die Misshandlungen, die Krankheiten, die Erschöpfung und der Tod gehörten zum täglichen Leben der Deportierten. Sie litten unter den Verletzungen durch die Hiebe, die sie von den Kapos und den SS erhielten sowie unter den Bissen der Hunde, die darauf abgerichtet waren, sie anzugreifen. Sie konnten auch bestraft werden und zu Peitschenhieben auf dem Prügelbock oder einer Inhaftierung im Bunker im unteren Teil des Lagers verurteilt werden. Zum Skelett abgemagert, erschöpft, verwundet, krank, ohne Behandlung, gleichgültig ob sie in die Krankenstation kamen oder nicht, kamen viele ums Leben. In Natzweiler lag die Sterblichkeitsrate bei 40 %; in den Nebenlagern konnte sie 80 % erreichen.

Deportierte, die einen Fluchtversuch wagten oder einfach nur verdächtigt wurden, eine Flucht zu planen, wurden zum Tode verurteilt: Durch dem Strang oder durch das Erschießungskommando.

Die Gestapo von Straßburg nutzte das Lager ebenfalls als Hinrichtungsplatz. So wurden 1943 dreizehn Jugendliche aus Ballersdorf (Haut-Rhin) auf Grund ihrer Weigerung in die Wehrmacht einzutreten und des Versuchs, die annektierte Zone zu verlassen, im Steinbruch erschossen. Im September 1944, kurz von der Evakuierung des Lagers, wurden Mitglieder des Alliance-Netzwerks und Maquisards aus den Vogesen ins Lager gebracht, um dort hingerichtet zu werden.

Alle endeten im Verbrennungsofen des Krematoriums.