In den ersten Septembertagen von 1944 beschließen die Nazis angesichts der vorrückenden alliierten Truppen das Hauptlager zu evakuieren. Der Großteil der Deportierten wird nach Dachau verlegt. Nur wenige bleiben unter der Bewachung einer kleinen Anzahl von SS im Lager zurück. Am 23. September, dem Tag der Befreiung Straßburgs, dringt die amerikanische Armee in das Lager ein und findet das erste Beispiel für das System der Nazi-Konzentrationslager in Westeuropa.

Von den 52.000 zwischen 1941 und 1944 nach Natzweiler-Struthof oder in eines seiner Nebenlager deportierten Personen starben über 20.000.

Ab 1945 begannen die Alliierten mit der Verurteilung der höchstrangigen Verantwortlichen Nazideutschlands in Nürnberg. Sie organisierten in der Folge getrennte Prozesse für die SS jedes Hauptlagers. Josef Kramer, der ehemalige Kommandant von Natzweiler und Kommandant von Bergen-Belsen wird von den Briten für seine Rolle im letztgenannten Lager verurteilt. Die anderen SS-Verantwortlichen von Natzweiler, die gefangengenommen oder auf der Flucht waren, wurden bei den Prozessen von Wuppertal, Rastatt und Metz verurteilt.