Die Deportierten des Lagers Natzweiler kamen aus ganz Europa, aus Gefängnissen, aus Internierungslagern oder aus anderen Konzentrationslagern. Alle wurden bei ihrer Ankunft im Lager der gleichen Prozedur unterzogen: Aussteigen im Bahnhof Rothau, Fußmarsch zum Lager oder Transport im Lastwagen, Registrierung unter einer Matrikelnummer, Wegnahme der Identität und des persönlichen Hab und Guts, Entlausung, Desinfektion und Ausgabe von wahllos zusammengestellter Kleidung, manchmal von gestreiften Uniformen.

Sie waren aus sehr unterschiedlichen Gründen festgenommen worden. Die ersten Deportierten des Lagers waren hauptsächlich Deutsche, Deportierte allgemeinen Rechts, "Asoziale" oder politische Deportierte. Ab 1942 kamen die sowjetischen Deportierten, zum Teil Kriegsgefangene, die Polen und die Bewohner der vom Dritten Reich anektierten Gebiete (Tschechen, Elsässer und Lothringer). 1943 trafen viele luxemburgische Deportierte und dann Widerstandskämpfer unterschiedlicher Nationalitäten aus den verschiedenen Konzentrationslagern oder Gefängnissen in Europa ein: Belgier, Holländer, Norweger und Franzosen. Unter den letzteren waren viele Militärs, insbesondere Mitglieder der Geheimen Armee (Armée secrète) und der Organisation für bewaffneten Widerstand (Organisation de résistance armée). Im Juni 1943 traf der erste Konvoi mit französischen NN-Deportierten in Natzweiler ein. Sie waren als Widerstandskämpfer festgenommen worden und fielen unter die 1941 erlassenen NS-Dekrete, Nacht und Nebel genannt. Diese Dekrete zielten darauf hin, die Widerstandskämpfer und im Allgemeinen alle Gegner der deutschen Besatzung verschwinden zu lassen. Eingesperrt oder deportiert, völlig von der Außenwelt abgeschnitten, starben sie einen langsamen Tod durch die Arbeit, die Erschöpfung, den Hunger und die Krankheiten. Einige der Deportierten wurden in Breslau vor Gericht gestellt, andere wurden ohne jedes Verfahren in den Lagern festgehalten. Ihre Familien oder Angehörigen erhielten keine Nachrichten von ihnen.

Ab 1944 wurden dann Juden, größtenteils aus Ungarn und Polen, in die Nebenlager deportiert.